针灸基础研理论的研究,应该坚持什么样的方法论。各有说辞。从哲学论域,本文对阿是穴的现代研究进行再思考。分析发现:和现代科学技术相结合,多学科的交叉研究,还原论和整体论,都是不可或缺的。他们的综合运用,才是针灸腧穴研究方法论的整体观。中西医结合对阿是穴的科学实践说明,用西医实体结构特征研究阿是穴是可行的。阿是穴、穴位定位,固定穴,穴位的针灸治疗,穴位的辅助诊断,都是源于阿是现象,成于它的客观结构本质。体现了结构和功能,现象和本质,主观和客观的辩证统一。阿是穴有分布规律,耳穴有整体特征。这是阿是穴研究中的整体涌现性。这种涌现性又以方法论的形态出现在全息穴位群的研究中。导致认识论,方法论的提升;它促成了一系列穴区的新发现和新疗法,以及机理的探索。同时也带来了许多新问题和争论!百家争鸣气象新。