利用MISA软件分析高通量测序所得83248条杉木表达序列标签(expressed sequence tag,EST)的SSR位点分布规律,开发EST-SSR引物,并对其进行遗传多样性分析.设定MISA软件的搜索条件为二核苷酸重复次数≥6次、三核苷酸重复次数≥4次、四五六核苷酸重复次数≥3次.分析得出83248 条杉木EST序列中含有SSR位点的序列为7129 条,SSR位点8628个,其中1106条序列含有不止一个SSR位点,SSR的发生频率为8.56％.三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR 类型,分别占56.88％、20.50％和13.13％.三核苷酸重复出现次数最多的为AAG,四核苷酸重复出现次数最多的为AAAG,六核苷酸重复出现次数最多的为AAGAGG.依据序列注释挑选出与木材形成相关的含SSR位点的序列,利用BatchPrimer3.0 软件设计22对引物,研究这些引物的PCR 扩增特点,实验结果得出20对引物能在杉木中扩增出理想的PCR 产物,扩增效率为90.9％.其中11对引物扩增条带具有多态性.为了验证扩增产物的真实性,我们对部分扩增产物进行克隆和测序,得出90％以上的片段含有多态性位点,且片段的差异性是由SSR重复次数多少引起的.用具有多态性的EST-SSR 标记,对选出的30株杉木种源种子源群体进行遗传多样性分析.11 对引物共扩增出41 个等位基因,平均每个位点的等位基因数约为3.7个.采用POPGENE version 1.31 软件计算得出30株杉木的平均等位基因数为1.8158、有效等位基因平均数为1.3463、Nei’s 基因多样度为0.2165、Shannon 多样性指数为0.3415.并利用软件NTSYS-pc(Rholf,2000)分析30个单株的遗传关系,选用SM相似系数、UPGMA法进行聚类分析.以相似系数0.786为界限,可以把30种材料分成四大类.综合得出杉木EST-SSR 标记的开发给非模式植物的研究提供了便捷的方法,它对于杉木的遗传多样性分析具有重要应用价值,为优新种质的创制提供依据.