创新是当前农业产业集群研究的重要内容，掌握集群创新状况对指导农业产业集群发展具有重要意义。本文结合实地调研的数据，利用DEA-Tobit 两阶段模型对山东省寿光蔬菜产业集群企业创新效率及其影响因素进行研究。经过DEA 模型分析表明：寿光蔬菜产业集群规模已接近最优状态，综合创新效率处于中等偏上水平，但仍未达到最优状态，主要原因是集群在科研技术力量投入、创新资源利用配置等方面不足造成的纯技术无效率。进一步Tobit 回归的影响因素分析发现：企业知识技术吸收扩散能力，政府财政支持力度，企业家创新精神和企业发展的外向性与农业产业集群企业创新效率存在显著的正相关关系，而企业规模对农业产业集群企业创新效率影响并不显著。最后，根据集群创新影响因素的分析，提出相关发展建议。