中国荷斯坦牛乳蛋白成分性状全基因组关联分析

来源 :中国畜牧兽医学会养牛学分会第八届全国会员代表大会暨2015年学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:swfcmoon
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奶牛的产奶性状及乳成分性状是重要的经济性状,提高奶牛产奶量,改善牛乳营养成分,以符合人类的健康标准与需求是育种家们一直追求的目标.乳蛋白成分是牛奶中最重要的营养物质之一,牛乳蛋白含量一般占全部乳成分的3.4%左右,乳蛋白的本质是生命的物质基础,与人类健康有着密切关系,乳蛋白含量固然重要,但其中的各种乳蛋白成分(αS1-CN,αS2-CN,β-CN,κ-CN,α-LA,β-LG)更是发挥着不可忽视的重要作用.本研究的总体目标是利用基因组学、生物信息学、统计遗传学等技术,鉴定影响奶牛乳蛋白成分的候选基因及SNPs,并进行相关基因的通路分析,全面解析关键基因对乳蛋白成分性状形成的调控机理,为奶牛低脂高蛋白新品系的培育提供依据。本研究鉴定到影响乳成分性状的所有显著SNP将作为潜在的分子标记,为奶牛分子育种提供信息支持。经过后期验证得到的功能SNP可作为奶牛遗传选育真正遗传标记,为奶牛群体遗传改良奠定基础。后期会基于鉴定到的显著SNP进行候选基因鉴定筛选,进一步对其开展基因功能验证,以期得到影响乳蛋白成分的致因基因,将之应用于奶牛分子标记辅助选择或转基因育种中。
其他文献
1.引言近年来,随着生产性能测定的全面开展,宁夏地区积极开展了优质高产奶牛核心群选育工作,积累了大量生产性能测定(DHI)记录及较为完整的系谱数据,这为群体遗传评估及奶牛信息化管理平台的建立奠定了基础.
1.引言产奶性状是奶牛最重要的经济性状,包括产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量和乳蛋白率.与候选基因法、标记-QTL 连锁分析、全基因组关联分析(Genome-wide association analysis,GWAS),第二代测序技术(Next-generation sequencing,NGS)具有通量高、速度快等显著优点.尤其随着测序成本的降低,利用NGS 进行关键基因鉴定已成为主流方法之一
1.引言Niemann-Pick type C2(NPC2)由NPC2 基因编码,在动物机体内部脂类运输过程中具有重要的转运调节作用,在胆固醇代谢SREBP 信号通路中扮演重要的角色.相关研究表明,与NPC2密切相关的NPC1 基因在机体内的突变会诱发诸如人类肥胖,小鼠进食困难等症状.
游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)通常指存在于血浆或血清、脑脊液等生物体液中的游离于细胞外的小片段DNA,一般认为是凋亡或坏死细胞中的基因组DNA 降解后进入生物体液而形成[1]。
1.引言单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP 等位位点.它能够作为一个整体遗传并且发生重组的几率很小.相对于SNPs 进行育种值估计,单体型能够整合遗传变异的区组信息,考虑了区组内部的互作效应,同时减少了计算量,因此以其作为最小单位进行分析要明显优于单标记分析.
1.引言SHH 信号通路是调节动物胚胎发育、体节形成、脊索发育、大脑发育的重要信号通路,可促进成肌或成骨细胞的生成,并抑制脂肪细胞的分化.本课题组采用高通量测序技术对南阳牛和秦川牛的全基因组重测序,发现SHH 基因内存在拷贝数变异(CNV),且差异显著.
1.引言拷贝数变异(CNVs)是指长度为1 kb 以上的基因组大片段的增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失和重复,是基因组结构变异的重要组织部分,主要能够通过改变基因剂量效应,进而影响该基因控制的表型变化.
1.引言测定日模型是20 世纪90 年代提出来的,主要针对有重复测定类性状方差组分估计的方法.测定日模型中用于描述泌乳曲线的方程称为子模型,子模型的选择对参数估计结果很重要.测定日模型中随机回归子模型主要包括:常规泌乳曲线方程、Spline 方程和正交多项式[1].
1.引言转录因子是控制基因表达的一类蛋白质分子,通过调节靶基因的表达对机体的发育和代谢等起重要调控作用.叉头转录因子(FoxO1)是FoxO 亚家族中发现最早的成员,其与成肌细胞分化及脂肪细胞代谢有关,并作为潜在因子参与骨骼肌的分化及Ⅰ型肌纤维基因的表达,因而它是研究肌肉及脂肪组织发育和代谢的重要候选基因.
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