【摘 要】
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目的 通过整合转录组学联合加权基因共表达网络分析(WGCNA)对食管鳞状细胞癌(ESCC)发生发展相关基因进行筛选,并通过体外实验加以验证.方法 以GPL570、GPL571、GPL96/97 或GPL14613 平台为基础,从基因表达数据库GEO 中下载10 个蛋白编码基因(mRNA)和1 个微小RNA(miRNA)表达数据集；设置阈值FDR<0.05、|FC|≥1.5,最终得到基于各平台整合分
【机 构】
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南京医科大学康达学院附属涟水县人民医院 上海交通大学医学院附属上海市第一人民医院
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目的 通过整合转录组学联合加权基因共表达网络分析(WGCNA)对食管鳞状细胞癌(ESCC)发生发展相关基因进行筛选,并通过体外实验加以验证.方法 以GPL570、GPL571、GPL96/97 或GPL14613 平台为基础,从基因表达数据库GEO 中下载10 个蛋白编码基因(mRNA)和1 个微小RNA(miRNA)表达数据集；设置阈值FDR<0.05、|FC|≥1.5,最终得到基于各平台整合分析出的差异表达基因,将所得基因结合TCGA 数据库的81 例ESCC 患者的表达谱数据和临床信息,通过WGCNA 方法构建由差异表达的mRNA 和miRNA 组成的基因共表达模块；收集涟水县人民医院2017 年6 月-2018 年2月ESCC 患者的肿瘤组织及癌旁组织样本30 例,对ESCC 及癌旁组织用于验证结果；使用miRNA 模拟物(mimic),联合流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、划痕实验、侵袭实验,在ESCC 细胞系ECA-109 中进行功能验证.
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