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本文从“技术最优”和“成本最小”两个维度构建了一个考虑要素价格信息的自主创新经济效率指标，并用三阶段DEA-Windows模型测度不同部门的相对效率差异，分解出规模效率和配置效率；在此基础上利用1996-2008年四位码高技术产业内、外资各部门的面板数据进行测算，结果显示：中国高技术产业自主创新效率水平普遍不高，内外资部门技术创新差异较大，主要表现为较大的要素配置和规模效率差距。因此，提高高技术产业技术创新效率的关键：第一，矫正地方保护和市场分割提高规模效率；第二，建立市场化的要素定价机制，减少政府的干预，提高配置效率。