我们过去的比较基因组学研究揭示了崭新的放线菌的分子标记,如保守蛋白中的插入或缺失序列(Conserved Indels)和特征蛋白序列(Signature Proteins).这两种分子标记作为不同分类单元(如属、科、目、门)特有的基因序列,对放线菌门的界定、分类以及系统发育研究提供了非常有用的工具.过去几年,放线菌的基因组测序的数量增加了近十倍,极大地丰富了我们研究放线菌多样性、生物学和进化的研究资源.这项工作的目的是更新放线菌门的系统发育和寻找更多的分子标记,尤其是之前没有研究过的放线菌分支.为了更全面的研究放线菌的系统发育,特别是对新测序的物种,我们构建了111株放线菌的系统发育树.相比于其它进化树,我们分析了35个高度保守的持家基因序列,因此在大多数分支点的bootstrap score比较高,可以明确的区分17个主要的放线菌亚目.除了之前报道过的3个放线菌特有的持家基因中的Indels(即CoxI,GIuRS和CTP synthetase),我们又发现了6个不同蛋白中的indels是放线菌门所特有的(分支较早的Rubrobacter除外).还有大量蛋白中的indels是不同放线菌分支所特有的,比如Corynebacterineae、Bifidobacteriaceae.其次,我们还发现了特定分支共有的indels,比如Corynebacterineae、Pseudonocardineae、Micromonosporineae以及Micrococcineae、Bifidobacteriaceae、Actinomycycineae类群.这些indels为以上类群在进化树上形成独特的分支提供了有力的分子证明,揭示了它们的共同起源.总之,这些新鉴定的分子标记可以用于区分不同的谱系,包括放线菌门以及它下面的各个分支.此外,这些分子标记在不同的物种中的分布模式也为研究这些谱系之间的相互关系提供了有价值的信息.由于它们的特异性,对这些标记的功能研究可以帮助我们发现不同放线菌独特的生理生化特性.