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采用PCR直接测序法和克隆测序法,测定了塔河马鹿、伊河马鹿、青海马鹿和白唇鹿的62个个体线粒体DNA条形码CO1基因的1188bp序列,对鹿品种鉴定、筛选资源进行了初步探讨.将测序所得片段通过与Genbank数据库中BLAST,比对结果与伊河马鹿线粒体DNA全序列同源性为100％,证明所测得序列准确可靠.将东北马鹿、伊河马鹿、塔河马鹿、青海马鹿、白唇鹿五个样品所测得的序列通过ClustX软件进行比对进行分析,G+C含量均为40.5％.通过MEGA6.0与DNA SEQUENCE软件分析东北马鹿、伊河马鹿、塔河马鹿、青海马鹿、白唇鹿的个体变异位点数量,单倍型及数量,核苷酸变异位点总数,多肽位点数量,单肽位点数量.除东北马鹿外,伊河马鹿、塔河马鹿、青海马鹿、白唇鹿均有自己特有的变异位点.各鹿科动物特有的变异位点可以作为品种鉴定筛选资源.从不同单倍型在马鹿种群中,单倍型n5为优势单倍型,n3、n6、n7、n8为劣势单倍型.塔河马鹿中单倍型n2、n5的优势明显；伊河马鹿中单倍型n1、n4、n5优势明显；东北马鹿单倍型n5优势明显,白唇鹿中单倍型n8优势明显.n3在伊河和青海马鹿中均为劣势单倍型,说明这个单倍型在选种过程中淘汰的比例较大.用NETWORK软件绘制单倍型的最小跨度网络图.单倍型n2、n8与其他单倍型之间具有较远的亲缘关系.n1、n2、n6具有自己原始的单倍型,而n5有不同程度的进化关系.其中n2是塔河马鹿独有的单倍型,n5是伊河马鹿、东北马鹿与青海马鹿共享的单倍型.由此可推测出：伊河马鹿与青海马鹿遗传距离相对较近,表明系统进化关系较近；白唇鹿与其他几种马鹿亲缘关系较远.本研究通过MEGA6.0软件分析东北马鹿、伊河马鹿、塔河马鹿、青海马鹿、白唇鹿五个群体间及群体内的遗传距离.结果显示种间遗传距离大于1％表示种群间差异明显,能达到DNA条形码鉴别五种鹿科动物的要求.五者之间白唇鹿与各鹿科动物之间的遗传距离最远,其次是塔河马鹿.伊河马鹿与东北马鹿、青海马鹿和塔河马鹿之间的遗传距离相近,且遗传距离均大于1％.