在阴阳两种物质相碰撞产生一个物种(肉身)的同时，也产生了灵魂和意识。灵魂是阴性物质的正物质(阴+)和以衰变形式存在的阳性物质的负物质(阳-)即反物质构成的矛盾对立统一体。在灵魂的结构中，表现为以衰变形式存在的阳性物质的负物质(阳-)即反物质围绕着阴性物质的正物质(阴+)做旋转式运动。承认灵魂不灭必然引出宗教信仰。指出，世俗建立在阳性物质世界和常规的思维基石念之上，宗教建立在阴性物质世界和特异思维基础之上。佛教对世界本来面目、世界本质的认识，在宏观上有一个总体的把握，但是却缺少定量分析和精细地研究，这就需要科学的发展和技术的进步。提出宗教情结是科学研究的最强有力、最高尚的动机；科学和宗教是一对孪生姊妹。为避免和克服科学与宗教出现的二律背反、两为其难的境况，最好的办法是让科学家也学习佛教知识，培养科学和佛教两用的复合型人才。让科学家真正懂得佛教的真谛，才能在科学研究中获得突破性的进展。