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采用磁珠富集法筛选魁蚶微卫星分子标记.魁蚶基因组DNA经MSP Ⅰ酶切后，利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC) 15、(AG) 15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段，连接到pMD18-T载体，转化到TOP10中，构建富集微卫星序列的基因组文库.经菌落PCR筛选出295个阳性克隆进行测序，结果含有208个微卫星序列，其中完美型147个，占70.7％；非完美型35个，占16.8％；混合型26个，占12.5％.利用软件设计了140对微卫星引物，共筛选出48对多态性好的微卫星分子标记.采用30个魁蚶个体进行遗传多样性评估，其中观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.1000～1.0000、0.1831～0.9181和0.1638～0.8946.筛选出的微卫星位点为今后魁蚶的分子遗传育种、种群遗传结构分析、遗传图谱构建和QTL定位等研究提供基础依据.