由黄单胞杆菌属多个种引起的番茄疮痂病是番茄上一个严重的细菌性病害,培育具有田间抗性的番茄品种是防治该病害最有效的途径。到目前为止,人们已经对番茄材料的抗性遗传进行了大量且较为深入的研究,发现田间抗性受多基因控制,呈数量性状遗传模式,这就阻碍了抗性材料在育种中的应用。研究抗病和感病材料在病原菌入侵后的差异表达谱,不仅有利于了解番茄材料与病原菌之间的互作机理,而且能够为育种中利用具有田间抗性的材料提供理论支撑。选用抗、感差异明显的两个番茄材料PI114490和OH88119作为试验材料,PI114490对番茄疮痂病T3小种具有高度的田间抗性,而OH881 19是一个优良的加工番茄育种材料,对番茄疮痂病没有田间抗性。将两个材料种植在培养室内,采用喷雾法进行全株叶片喷雾接种T3小种悬浮液,以接无菌水作为对照。在接菌(水)后0h、6h和6d取叶片提取RNA,采用RNA-seq技术分离PI114490和OH88119受T3小种侵染不同时间点的差异表达基因。对PI114490和OH88119接菌和接水后不同时间点样品的RNA-seq分析显示,平均每个样品获得了约7000 000个reads,对应到番茄基因组中21526个基因。总的说来,抗病材料PI114490在病原菌入侵后的差异表达基因数量高于感病材料OH88119,接菌6d后的差异表达基因数量显著高于接菌6h。抗病材料PI114490在防御反应相关途径、WRKY家族和NBS-LRR家族中的差异表达基因数明显多于感病材料OH88119;同时,抗病和感病材料也会激活部分相同的防御反应来应对T3小种的侵染,并推测乙烯和茉莉酸代谢途径可能在番茄与疮痂病T3小种的互作反应中具有重要作用。这些数据为研究番茄植株与疮痂病T3小种病原菌互作提供了有价值的信息。