本研究以两株18SrDNA序列相同但ITS序列有差异的同种高产油藻株为研究对象，分析其产油和生长相关代谢通路上的基因表达差异，为后期遗传改造获得优良的产油藻种打下良好的理论基础。研究中取两株藻的三个不同生长时期的藻细胞提取总RNA进行转录组分析，同时采用数字表达谱的方法精确比较分析藻细胞不同生长时期，随着油脂含量增加油脂合成相关基因表达的差异。通过组装获得的基因能够构建出了两株藻的油脂合成及代谢、碳固定及碳水化合物代谢等关键通路。同时发现随着藻细胞的油脂含量增加，油脂合成及代谢途径直接相关的小部分基因发生了变化，而氨基酸降解相关基因出现了大量的上调表达，这为油脂的合成提供了充足的碳源和能量。本研究获得油脂合成代谢相关基因以及其随微藻的生长、油脂合成而改变的信息为后期开展优良产油藻株遗传改造提供了理论指导。