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对三株不同来源的刺激隐核虫(Cryptocaryon irritans)：CL1209(2012年分离自福建长乐水泥池养殖的患病牙鲆)、ND1304(2013年分离自宁德海上网箱养殖的患病大黄鱼)、FD1210(2012年分离自福鼎池塘养殖的患病青石斑鱼)的ITS-1序列进行了扩增、克隆、测序和序列分析,测序结果表明这三株虫株的ITS-1扩增产物长度均为587bp,从3端开始到5端包括部分18S rDNA (229 bp)、完整的ITS-1 (129bp)、完整的5.8 S rDNA (160bp)和部分的ITS-2基因序列(69bp),三株虫株的ITS-1基因序列与广东番禺PYH4.12株(DQ270010)、日本Wakayama分离株(AB608054)、台湾嘉义Chiayi株(AF490381)等序列同源性为100％,与NCBI数据库中其他刺激隐核虫分离株的ITS-1序列的同源性为90.62％～99.22％；比对分析Genbank中纤毛虫的HSP70基因,在两个保守区域,设计引物,对三个虫株的HSP70部分基因进行扩增,得到的扩增产物长度均为478bp,其中CL1209株与FD1210株扩增产物序列完全一致,与ND1304株的同源性为99.37％,在NCBI网站进行在线BLAST同源性检索显示CL1209株的序列与草履虫(Paramecium tetraurelia)、尾草履虫(Paramecium caudatum)、四膜虫(Tetrahymena thermophila)、贪食迈阿密虫(Miamiensis avidus)等纤毛虫的同源性为72％-79％.与尾草履虫(Paramecium caudatum)的遗传距离最近.以上结果表明,虽然分离时间、分离地域、养殖模式、感染宿主不同,这三株刺激隐核虫的ITS-1和部分HSP70序列仍保持高度的同源性,而抑动抗原等表面抗原是否因地域、环境、宿主的不同而表现出差异还有待进一步研究.