低温严重影响着棉花的产量和品质。阐明棉花低温响应的分子调控机制、培育耐低温棉花品种是解决这一问题的关键。因此,本研究以耐低温棉花品种"中棉所36"幼苗叶片为材料,提取低温处理O h、6 h、12 h、24 h、48 h的棉花叶片总RNA,将各不同处理时间的棉花叶片总RNA样品分别进行基因表达谱测序,所有处理的总RNA等量混合后作为转录组测序样品进行高通量转录组测序,通过分析低温胁迫处理不同时间的基因表达谱的变化,筛选出差异表达基因,揭示了基因的表达模式,初步阐明了胁迫应答相关基因的调控网络,为探讨棉花低温胁迫响应的分子调控机制和利用基因工程手段改良棉花耐寒性奠定了基础。研究结果表明,以处理0 h为对照,4个不同低温处理阶段受诱导差异表达基因数量分别为3485个(2442个上调/1043个下调),2990个(2353个上调/637个下调),3292个(2809个上调/483个下调)和3801个(2532个上调/1269个下调)。在以上4个处理阶段均差异表达的基因共有635个。Pathway显著性富集分析表明,低温胁迫处理后差异基因主要集中在植物病原菌互作(Plant-pathogen interaction)通路、植物激素信号传导(Plant hormone signal transduction)通路和淀粉与蔗糖代谢(Starch and sucrose metabolism)等通路。根据差异基因的变化倍数和基因功能注释,研究筛选了11个基因进行实时荧光定量PCR分析,用UBQ7作为内参基因,荧光定量结果显示,11个基因的表达量变化与表达谱结果一致。