为调查上海地区猪隐孢子虫感染情况及感染虫种,应用Sheather’s蔗糖漂浮法和改良抗酸染色法对上海市6个区的10个猪场进行了为期2年半的猪隐孢子虫病流行病学调查,利用PCR-RFLP对分离的隐孢子虫核糖体小亚基(SSU)RNA基因进行扩增,对扩增产物进行序列测定和系统发育进化分析。共检测2 194份粪样,结果阳性676份,阳性率达30.8%。10个猪场中9个发现隐孢子虫,其中阳性率最高的达80%,最低的为14.0%。猪隐孢子虫感染多发生在2月龄以内的幼龄仔猪,10-19日龄仔猪隐孢子虫阳性率较低,随着日龄的增长,隐孢子虫阳性率迅速增高,在30-39日龄达到最高峰,此后,随着仔猪日龄的增长,隐孢子虫阳性率开始逐渐下降,90-180日龄未发现隐孢子虫感染。连续13个月的追踪调查发现,猪隐孢子虫以冬季和春季感染率最高,秋季次之,夏季最低。PCR-RFLP及SSU rRNA基因部分序列分析发现,上海南汇某猪场猪感染的是隐孢子虫猪基因型Ⅱ(Cryptosporidium pig genotypeⅡ),宝山某猪场和嘉定某猪场猪感染的是猪隐孢子虫(C.suis)。研究结果表明上海地区猪场普遍存在隐孢子虫感染,不同场、不同季节、不同日龄仔猪隐孢子虫的感染率存在明显差异。