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不同倍性鱼类的Hox基因簇的数目与其多倍化的程度或次数完全吻合，因此，鱼类Hox基因簇数目及其因组成的研究已成为鱼类多倍化动态过程研究的重要工具。银鲫是一种天然雌核发育的三倍体种群(3n=156或3n=162)，属鲤科(Cypdnidae),鲤亚科(Cyprininae)，鲫属(Carassius)，是我国重要的淡水养殖对象，目前，三倍体银鲫的起源仍然是个谜。本研究通过寻找和克隆野鲫(2n=100)、野鲤(2n=100)、三倍体银鲫的多个Hox基因，获得了能够进行等位基因和重复基因区分而又具有很高保守性的3个Hox基因：HoxA4a，HoxAl3b，HoxCl2a，以此来研究三倍体银鲫与野鲫和野鲤的遗传关系，从而探索三倍体银鲫的起源。