采用傅里叶变换红外光谱(Fourier Transform Infrared Spectroscopy,FTIR)、二阶导数谱和Spectrum v5.02软件的compare功能,结合主要成分的红外标准图谱对肉苁蓉现蕾期-始花期-盛花期三个生长时期的肉质茎、花轴、花序3个部位的药材粉末进行了分析与评价.结果表明：在1080～1020cm-1范围内各部位的指纹特征呈现出明显的递变趋势.在出土期,肉苁蓉不同部位的化学成分差异较小,但肉质茎在1052cm-1处代表多糖、苷类物质中C-O的伸缩振动峰高于其他部位,说明肉质茎中这两种物质在采收时含量较高；现蕾期肉苁蓉各部位的成分组成差异明显,相似系数小于出土期各部位的相似系数,代表甘露醇的1079和1020cm-1处的双峰进一步增高,初步推断出肉苁蓉在现蕾期,其花序端的甘露醇含量逐渐增多；盛花期与现蕾期的花序端红外光谱特征较为相似,却与盛花期的花和花蕾明显不同,说明半乳糖类物质大多存在于花序端的花序杆中,而花中的含量较少.同时花序杆中953、927、884 cm-1附近为糖环的特征峰明显较其他部位高,这可能是肉质茎供给花序端开花结果所必须的营养物质.1735cm-1附近是羧酸类或酯类物质中C=O的伸缩振动峰,其在花中的含量较肉质茎略高,这可能是肉苁蓉花带有特殊香味的物质来源.1156cm-1处的吸收峰多为黄酮类化合物或纤维素类的C-O键的伸缩振动峰,说明花中的黄酮类或纤维素类物质增多.上述结果与陈君、屠鹏飞等利用UV和HPLC法研究的结论相符,但这种无损快速的鉴定可以在短时内完成.可见该方法快速、准确,可为客观评价中药材质量提供一种新的方法和手段.