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甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌（MRSA）在医院病人、社区人群和养殖动物中广泛流行,已成为全球严峻的临床及公共卫生问题。对分离株进行分型是揭示MRSA流行规律与传播机制的基础。早期的SA流行病学研究主要采用噬菌体分型等表型方法,如50年代在澳大利亚和加拿大出现大流行的青霉素耐药SA由于对噬菌体80和81敏感即称之为80/81株。随着分子生物学技术的发展,更加可靠和有效的分子分型技术已取代了表型方法,如脉冲场凝胶电泳（pulsed-field gelelectrophorcsis,PFGE）、多位点序列分型（mulfilocus sequence typing,MLST）等,应用这些技术,可获得感染或流行MRSA菌株的型别以及其来源等信息。除上述各种细菌均可通用的分子分型技术外,还有两种专用于葡萄球菌甚至MRSA的分型技术。spa分型是针对金黄色葡萄球菌蛋白A基因可变区（X区）的串联重复序列出现次数和排列方式所开展的分型,目前已广泛用于MRSA分型[1]。SCCmec分型是专门针对葡萄球菌所独有的SCCmec结构建立的分型技术,也是最复杂的MRSA分子分型技术。SCCmec型主要由ccr基因复合体和mec复合体共同决定,而J区决定SCCmec的亚型。已发现的SCCmec型和亚型越来越多,为了避免命名的混乱,国际上成立了SCC分类工作组（IWG-SCC）并建立了统一的SCCmec分型原则。SCCmec基因分型结果显示,目前流行的医院获得性MRSA（HA-MRSA）基因型多为SCCmecⅠ、Ⅱ、Ⅲ型,具有多重耐药特点,除携带mecA基因外还带有其他耐药基因;社区获得性MRSA（CA-MRSA）基因型多为SCCmecⅣ型和V型,SCCmecⅣ型又分为a、b、c、d 4个亚型,SCCmecⅣ和V型的基因盒较短,除了携带mecA基因外几乎不带其他耐药基因,对非β-内酰胺类抗菌药物较为敏感[1]。近年来发现,一些MRSA菌株尤其是携带新型SCCmec元件的菌株也难以通过PFGE、MIST、spa、dru等技术分型,而不断发展完善的高通量全基因组测序技术正在MRSA分子流行病学和溯源研究方面显示出潜力[3]。Harrison等[4]就利用该技术证明了在丹麦出现的mecC-MRSA ST130具有在人和动物之间传播的能力。自1961年首次分离到MRSA以来已发现了多种克隆型的MRSA。全世界已分离到的人源MRSA绝大多数都可归入5个克隆群（CCs）:5,8,22,30和45。最早流行的MRSA克隆（ST250）属于CC8,SCCmec为I型。后来出现的许多重要MRSA克隆,包括在80年代大流行的MRSA均为同一克隆群,但却携带了新的SCCmec（Ⅱ和Ⅲ）,如Iberian克隆（ST247）、Brazilian/Hungarian克隆（ST239）。再之后出现的主要MRSA克隆有NewYork/Japan克隆（ST5,USA100）、"paediatric"克隆（ST5）,它们均属于CC5[5]。动物源MRSA最早于1972年从奶牛乳房炎病例中发现。近10年来,有关动物源MRSA的研究报告越来越多,目前已分离到特定基因型MRSA的养殖动物有奶牛（ST1、ST8、CC97、CC126、CC130、CC133、CC705、ST398、ST425）、猪（ST9、ST398）、绵羊（CC130、CC133、STl464）、山羊（CC133）、鸡（ST1、CC5、ST9、CC385、ST398）、火鸡（CC5）、兔（ST121）、马（ST1、ST8、ST398）等[6],提示动物也成为MRSA的重要贮库。脉冲场电泳、多位点序列分型、spa分型、SCCmec分型以及高通量全基因组测序技术在MRSA分型中各有优缺点,适用于不同分型要求。MRSA的传播具有明显克隆传播的特征,掌握MRSA的分子分型对于鉴别菌株间的亲缘性、揭示MRSA流行规律与传播机制乃至有效控制感染意义重大。