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根据磁湖实际特点，建立了正交贴体曲线坐标下的平面二维水动力—物质输运数学模型，在磁湖生态引水方案的基础上，模拟三种不同引水流量工况下磁湖水体代谢情况以及高锰酸盐指数(CODMn)、总磷(TP)和总氮(TN)三种水质指标变化过程。通过对模拟效果分析得到：各工况下运行90天后，磁湖水体平均体代谢率均可达到65％以上，并且各水质指标浓度变化基本稳定，都能达到地表水Ⅳ类水质标准；随着引水流量的增加，水体平均代谢率增高，水质改善也越快。本研究认为恢复江湖连通引入江水是一种较有效的改善磁湖水质的工程措施，并为磁湖流域水污染治理提供了科学的参考依据。