根据全国生态环境调查的总体要求，利用GIS技术，集成2000年中国西部地区生态环境遥感调查和2002年中东部地区生态环境调查所获得的全国范围多时相的遥感影像数据库，土地利用/土地覆被数据库，水土流失、海岸带、城市化和湿地等生态环境专题数据库，生态环境背景数据库等空间数据以及地面调查统计数据库和调查文档数据库，建成全国生态环境综合数据库。同时，建立基于全国生态环境综合数据库的数据集成系统，将所有生态调查成果数据及相关文档、多媒体等集成起来，使用户可按应用专题、时间范围、数据类型等多种方式灵活的查询全国生态环境调查的各种数据成果，使全国生态环境调查数据可以得到综合利用，为进一步的全国生态功能区划及各地生态环境保护的管理提供了数据支持和技术保障。全国生态环境调查数据集成系统主要由地理信息管理子系统、数据查询子系统、综合分析子系统、专题图生成子系统、元数据管理子系统、数据库维护子系统、地面数据采集子系统构成。系统以GIS空间组件为支撑，在数据库维护子系统、地面数据采集子系统和元数据管理子系统三个支持子系统的支持下，利用元数据管理的思想，对全部调查数据进行综合查询、显示对比和分析以及专题图、统计图等。