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水稻细菌性谷枯病(又称水稻细菌性颖枯病)是一种严重的种传病害,不但侵害谷粒,而且还引起水稻秧苗腐烂.该病20世纪50年代在日本九州被发现,1967年Kurita首次将病原菌定名为Pseudomonas glumae(颖壳假单胞菌),1994年改名为Burkholderia glumae(颖壳伯克氏菌),它是20世纪70年代后期日本水稻上最严重的病害之一.目前,该病已经蔓延到印度尼西亚、泰国、越南、韩国、斯里兰卡、马来西亚、菲律宾等东南亚国家,南美洲的哥伦比亚等国,非洲的坦桑尼亚及美国的路易斯安那州.中国台湾地区1983年曾报道水稻细菌性谷枯病的发生及品种抗性方面的研究.前人通过生理生化特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析和RAPD-PCR鉴定,发现这种病原细菌为Burkholderia glumae,是引起水稻细菌性谷枯病的病原菌.16S rDNA是能够反映植物病原细菌遗传差异的重要片段.但未有水稻细菌性谷枯病菌16S rDNA片段扩增及其基于此片段系统进化方面的相关报道.为准确鉴定其病原菌,并明确其分类地位,本研究利用16S rDNA通用引物对该病菌进行了PCR扩增,克隆了其16S rDNA片段,并基于该序列对该病菌进行了分子鉴定,进而通过序列比对与系统发育分析,研究了其16S rDNA片段与近缘菌的序列差异及系统发育关系.结果表明：水稻细菌性谷枯病菌各菌株均能扩增得到1 600bp左右的条带；BLAST比对结果显示,其序列与颖壳伯克氏菌(Burkholderia glumae)同源率为100％,将其鉴定为颖壳伯克氏菌(B.glumae)；B.glumae与B.metallica、B.stabilis、B.cepacia、B.vietnamiensis、B.plantarii、B.gladioli及B.cocovenenans的16S rDNA序列存在明显的差异性区域,主要集中在180～210bp、440～470bp、580～590bp、640～650bp、1 000～1 040bp、1 130～1 150bp和1 240～1 250bp.B.glumae与B.plantarii、B.cocovenenans及B.gladioli的亲缘关系较近,聚为一个组群,其他菌株则聚为另一个组群.