【摘 要】
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MicroRNAs (miRNAs)是一类内源性、非编码的小RNA,主要作用机制是通过靶基因mRNA裂解或翻译抑制在转录后水平负调控基因表达.目前,关于水稻miRNA的研究已经很多,但是对加
【机 构】
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华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,广州510642
【出 处】
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广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会
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MicroRNAs (miRNAs)是一类内源性、非编码的小RNA,主要作用机制是通过靶基因mRNA裂解或翻译抑制在转录后水平负调控基因表达.目前,关于水稻miRNA的研究已经很多,但是对加倍后的同源四倍体水稻育性发育相关的miRNA却知之甚少.在本研究中,我们通过二代高通量测序技术对二倍体水稻及其同源四倍体水稻发育的4个不同时期小RNA文库进行测序.主要研究结果有：(1)在二倍体水稻原种的四个时期鉴别出了206个家族的406个已知的水稻miRNA；经MIREAP分析小RNA二级结构,预测到了1207个特异存在于水稻的新miRNA.(2)同源四倍体水稻四个时期鉴别出了195个家族的403个已知的水稻miRNA；经MIREAP分析小RNA二级结构,预测到了1295个特异存在于水稻的新miRNA.(3)与二倍体水稻原种比较,在间期差异表达的miRNA有220个,其中上调的有140个,下调的有80个,新的miRNA有43个；在减数分裂期差异表达的有190个,其中上调的有139个,下调的有51个,新的miRNA有36个；在单核小孢子时期差异表达的有217个,其中上调的有151个,下调的有66个,新的miRNA有80个；在二核孢子期差异表达的有219个,其中上调的有161个,下调的有58个,新的miRNA有53个.通过TargetFinder将miRNA与水稻基因组比对,从331个已知水稻miRNA和193个新miRNA预测到了2733个靶基因,经功能注释、GO富集及KEGG通路分析,发现共有511个靶基因与水稻花发育相关,其中有248个是和雌蕊发育相关,这些靶基因对应于171个已知水稻miRNA和54个新miRNA.
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