玉米是我国重要的粮食和饲料作物。本研究以4个普通玉米自交系(dent inbred line)为亲本按双列杂交(diallel cross)设计创建6个F1世代,并连续自交得到6个有亲缘关系的F3分离群体,共计788个个体(每个分离群体包含104～143个基因型个体)。这788个个体继续自交得到788个F3:4家系,所有家系再与一个共同的测验系(tester line)测交得到788个测交家系后代。测交家系材料在10个地点按单重复试验种植,测得最终产量(grain yield)和籽粒含水量(grain moisture)。应用857个SNP标记检测了这788个F3个体的基因型,并构建了基于6个分离群体的协同遗传图谱(consensus genetic map)。一系列统计方法定位结果表明:(1)基于连锁的多群体联合定位方法要比单个群体定位方法具有更高的功效,能发掘更多的QTL;(2)在多分离群体联合分析中,连锁定位(linkage mapping)和关联定位(association mapping)表现出较高的一致性;(3)在不同的标记密度(marker density)下,通过交叉验证(cross validation)比较表明,在高标记密度下,关联定位方法比连锁定位方法有效;但在低标记密度下,连锁定位更有效;(4)标记密度的增加对两种定位方法的定位效果都有提高。本研究结果可为玉米的分子标记辅助选择(Marker Assistant Selection)育种提供重要参考,所发展的统计模型和配套的分析软件可为该领域提供可靠的统计分析平台。