昆虫体内栖息着大量的微生物,研究发现微生物与昆虫之间存在着广泛的非致病关系,包括互利的关系,甚至寄居的微生物影响着昆虫生理的很多方面,包括昆虫的发育、营养吸收、生殖以及物种形成、自然天敌的防御和免疫等方面.因此,研究昆虫体内微生物组成及其作用机制对于害虫防治将会提供更好的作用靶标.本研究运用454 测序技术深入研究了柑橘大实蝇肠道和生殖系统的细菌群落组成.测序获得了100,749 个读条,平均长度为400bp.稀释曲线和丰富度指数表明了样本的广泛性.研究结果发现大实蝇体内的菌群具有高度的多样性,平均每个样本含有约361 个OUT,共获得了17 个门的细菌.16s rDNA 分析表明所有样本中变形菌门Proteobacteria 都是最主要的菌群,所占比例达到75％-95％.放线菌门Actinobacteria 和厚壁菌门Firmicutes 也是常见菌群.其中克雷伯氏菌属Klebsiella,柠檬酸杆菌属Citrobacter,肠杆菌属Enterobacter 和沙雷氏菌属Serratia 作为主要菌属存在.多样性指数和PCA 分析表明菌群的多样性和群落结构会随着不同组织而变化.雌虫卵巢的菌群多样性最高,其次是雄虫精巢,生殖系统的菌群多样性要高于肠道.这些由于组织和性别的差异而引起的变异可能是为了满足寄主的生理而需要,也为今后微生物防治应用上提供理论支持.