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采用16S rRNA基因文库和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术，对北黄海两个站位的沉积物和水体中细菌群落特征进行了解析和评价。文库分析揭示海水及沉积物中微生物种类丰富，存在大量未被认知的类群。各站位中主要为变形菌门(Proteobacteria)，沉积物中γ-Proteobacteria和δ-Proteobacteria亚门占优势，水中则以α-Proteobacteria亚门占优势，但各亚门微生物在两个站位中存在明显系统发育学分歧。DGGE图谱聚类分析显示，近海沉积物和海水中细菌群落优势类群相似性很高，而远海沉积物和海水中则相似性很低。研究结果表明，微生物种类在不同地理位置和生存介质中存在明显差异，环境因素对微生物的分布起主导作用。