全基因组预测禾谷炭疽菌碳水化合物酶类蛋白及其理化性质分析

被引量 : 0次 | 上传用户:zxjxz33371
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
碳水化合物酶类蛋白(Carbohydrate-Active Enzymes,CAZymes)作为分泌蛋白中的一大类,是病原菌侵染过程中突破寄主细胞第一道屏障植物细胞壁的关键因素。对其开展深入研究,有助于解析植物病原菌侵入、操控植物的作用机制。禾谷炭疽菌[Colletotrichum graminicola(Cesati)Wilson]作为炭疽菌属重要的植物病原菌,可以侵染玉米、小麦、高粱等禾本科作物而引起炭疽病,给各国农业生产造成巨大的经济损失。自20世纪70年代以来,由该菌引起的玉米炭疽病在美国、印度等国就非常普遍。随着该菌全基因组序列的释放,目前,关于该菌MAPK途径蛋白预测、分泌蛋白预测以及14-3-3蛋白和RGS生物信息学分析等已见报道。前期本研究小组利用SignalP、ProtComp、TMHMM、big-PI Fungal Predictor和TargetP等预测程序对C.graminicola蛋白数据库中的12 006条序列进行分析预测,明确该菌中含有630个分泌蛋白。后续通过CAT分析,明确上述蛋白中含有267个CAZymes,然而,对于上述蛋白的性质和功能一直缺少较为深入的后续研究报道。目前学术界关于禾谷炭疽菌中CAZymes的数量有相关报道,但尚未见有关该菌中CAZymes理化性质分析报道。本研究基于前期所获得的267个CAZymes蛋白序列,通过生物信息学分析方法解析该菌上述蛋白的基本理化性质,结果表明,近2/3的蛋白理论等电点小于6,属于酸性蛋白,同时,通过随机数软件对上述蛋白进行10%抽样分析,明确了不同理论等电点类别的分泌蛋白所具有的分子质量、分子式、原子数量、半衰期、不稳定性系数、脂肪族氨基酸指数、总平均亲水性等性质。该研究为深入解析禾谷炭疽菌CAZymes蛋白的功能奠定了坚实的理论基础,也为深入解析该病原菌CAZymes蛋白在侵染操控寄主机制方面提供重要的理论基础。
其他文献
本文分析了超前滞后型数字锁相环(LL-DPLL)的基本组成和工作原理,用VHDL语言对该系统进行了设计,给出了数字锁相环电路3个主要模块的设计方法及仿真结果,得到了该系统的顶层电
面对人类目前的水资源严重缺乏的现状,人们在有效利用水资源方面在做着各种尝试.一种利用凌阳单片机(SPCE061A)强大A/D转换功能和语音处理功能而设计出具有语音报警功能的家用
本文在总结国际大都市城际轨道交通与城市轨道交通衔接经验的基础上,以广州市域的珠三角城际轨道交通规划与城市轨道交通规划为例,提出了城际轨道交通与城市轨道交通一体化规
原发性痛经是妇科常见病,严重影响女性日常生活及工作,因此原发性痛经的诊治对改善女性个体健康、提高工作效率及生活质量有重要的临床意义。目前西医主要以镇痛药物、口服避
渤海湾作为我国北方重要的水域,属于典型的温带半封闭内湾,三面环陆,经渤海海峡与黄海相通,海底平坦,饵料生物丰富,是多种水生生物繁殖、栖息、生长的良好场所。近几年来,由
<正>各省(自治区、直辖市)发展改革委、能源局,各派出机构,国家电网、南方电网公司,华能、大唐、国电、中电投、中同神华、中国华润、中国长江三峡集团公司,国家开发投资公司
会议
跨国公司既是碳排放大户,也是主要的低碳投资者。随着全球经济向低碳转型,跨国公司在发展中国家的投资,在为发展中国家带来低碳技术和低碳发展经验的同时,也带来了许多经济和
为优化我国抗震规范中地震土压力的计算方法,本文阐述了中国、欧洲、日本、新西兰四国抗震规范中地震土压力的计算思路,结合挡墙算例对四国抗震规范地震土压力计算结果进行了
笔者自1995年以来治疗200例成年人桡骨远端伸直型骨折.取得较好效果,现报道如下.1 临床资料本组200例中,男110例,女90例;年龄18-40岁123例.40岁以上77例,均为本院门诊及住院
中国宇航学会计量与测试专业委员会2008年工作会于2008年4月14日在云南召开。来自航天、兵器、核工业、总装备部、海军计量中心、中国科学研究院、中国空气动力研究院、哈尔