本试验以仔猪作为试验对象,探究鱼粉、豆粕、棉粕与菜粕四种蛋白日粮对仔猪肠道微生态区系及挥发性脂肪酸含量的变化规律,以期从微生态效应的角度为仔猪提供合理的日粮蛋白源.试验选用72头健康仔猪(体重18±0.5kg),按性别、体重分为4个处理,每个处理18头.每个处理按照宰杀时间(进食后1小时、4小时、8小时宰杀)分成3个组,每组6个重复,猪宰杀后立即收集全消化道食糜样品,其中取结肠后段食糜进行微生态区系检测分析,取盲肠、结肠前段与结肠后段3个肠段的食糜进行挥发性脂肪酸含量的检测分析.①采用Miseq高通量测序,检测分析四个处理组对仔猪肠道微生态区系的影响.经过菌门及OTU水平的多重比较分析,结果表明：在门水平分类上,仔猪肠道微生物种类主要以厚壁菌门和拟杆菌门两大类为主；在OTU水平上,四个处理组存在显著差异(P＜0.05),微生物种群数量为豆粕组＞鱼粉组＞棉粕组＞菜粕组.从丰度指数(Chao,Ace)来看,4个处理组差异不显著(P＞0.05),微生物群落数量为豆粕组＞鱼粉组＞棉粕组＞菜粕组；从多样性指数(Shannon)来看,4个处理组差异极为显著(P＜0.01),微生物群落多样性表现为：豆粕组＞鱼粉组＞棉粕组＞菜粕组；以上提示鱼粉与豆粕是良好蛋白源,其次是棉粕,再次是菜粕.②采用气相色谱仪对三个肠段总挥发性脂肪酸(Total volatile fatty acids,TVFA)、直链脂肪酸(Straight-chain fatty acids,SCFA)(乙酸、丙酸、丁酸)、支链脂肪酸(Branched-chain fatty acids,BCFA)(戊酸、异丁酸、异戊酸)的含量进行了检测分析.结果表明：a.各处理组TVFA、SCFA与BCFA含量在结肠前段最高,盲肠次之,结肠后段最低.各肠段TVFA含量为豆粕组＞鱼粕组＞菜粕组＞棉粕组,SCFA含量为鱼粉组＞豆粕组＞棉粕组＞菜粕组,BCFA含量为棉粕组＞菜粕组＞豆粕组＞鱼粉组；b.从时间点来看,各处理组TVFA与SCFA含量在盲肠与结肠后段均于8h时间点达到最大,在结肠前段则是4小时时间点达到最大且显著高于1小时与8小时；各处理组BCFA的含量在各肠段表现为4小时＞8小时＞1小时.c.从SCFA、BCFA与TVFA的比值来看,各处理组SCFA/TVFA值在三个肠段及各时间呈现的结果是：鱼粉组＞豆粕组＞菜粕组＞棉粕组；BCFA/TVFA值则是棉粕组＞菜粕组＞豆粕组＞鱼粉组.鱼粉处理组因SCFA含量及SCFA/TVFA值在四种日粮中均最高,提示其为最适蛋白源,其次是豆粕,再次是棉粕与菜粕.综上,仔猪肠道微生态区系与各肠段挥发性脂肪酸含量与种类均响应于日粮蛋白来源,结果表明鱼粉与豆粕为较好蛋白源,其次是棉粕,再次是菜粕.