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用ISSR标记对来自中国西南地区(四川、重庆、贵州)的28份扁穗牛鞭草材料的遗传多样性进行了检测。从96个ISSR引物中共筛选出13个多态性明显、反应稳定的引物，对28份材料DNA共扩增出129条谱带，平均每个引物扩增出9.9条带，多态性条带比率达84.2％。材料间遗传相似系数在0.466~0.98之间，表现出丰富的遗传多样性。通过聚类分析和主成分分析，将28份扁穗牛鞭草分为两大类，同一地区的扁穗牛鞭草品种(系)基本聚在同一类，呈现出一定的地域性分布规律。