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本文通过转录组对堆囊菌菌株在不同pH(自然碱性条件和实验室培养的中性条件)环境中的表达差异进行分析，结果显示在碱性条件下，多达2000个基因是沉默的，这个数值在中性条件下为碱性条件的一半；整体来看，在碱性条件下，绝大多数基因表达上调，同时，在两个条件下表达显著差异的基因中，四分之三在碱性条件下表达上调，四分之一在中性环境下表达上调，这与菌株在碱性条件下较好的生长状态一致。对影响水平基因转移的CRISPR/Cas系统和限制修饰系统的表达情况进行分析显示在碱性条件下，CRISPR/Cas系统处于表达下调状态；限制性修饰系统在碱性条件下有部分基因高表达，但仍有多达一半的限制修饰系统基因处于下调状态。