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分子动力学模拟是随着计算机技术发展而兴起的一种科学计算方法，在新材料的研究和开发、预测材料的介观和宏观性质等领域起到了重要作用。分子动力学模拟方法涉及了多个因素，其中依据物理规律建模是一个方面，而分子间的碰撞检测是另一个重要方面。特别是碰撞检测的计算效率更是影响计算机模拟速度的重要因素，如何提高分子间碰撞检测的效率依然是研究热点。因此，研究如何提高椭球分子间碰撞检测的效率，是本文讨论的主要问题。本文提出一种基于代数法的事件驱动分子动力学模拟算法，通过定义两个椭球分子碰撞的代数条件，高效的计算两个椭球分子的碰撞时间。