本文选取了中国大陆东部6个水系合计110个绒螯蟹个体,通过DNA序列测定和PCR/RFLP分析,对线粒体16S rDNA部分片段的序列变异进行研究。结果表明,在401 bp的16SrDNA片段中,合浦绒螫蟹(Eriocheir japonicahepuensis)与中华绒螯蟹(E.j.sinensis)之间存在3～4个固定的碱基替代;合浦绒螯蟹的闽江、九龙江和南流江种群之间未发现碱基变异,表现为1种单元型(C型):中华绒螯蟹长江和辽河的种群中,有1个固定的碱基替代,表现为A、B2种单元型。单元型之间的碱基变异反映了绒螯蟹地理种群之间的遗传歧异。经Dra I酶切形成的16SrDNA酶切片段差异,为2亚种的鉴定提供了一种准确、简捷的DNA分子标记。对长江水系部分水域绒螯蟹的分子鉴定提示,长江下游至长江口以中华绒螯蟹的2个单元型为主,但已混有合浦绒螫蟹的单元型。在江苏、安徽渔场中的饲养种群分别属于单元型A型和B型。16S rDNA的PCR/RFLP差异可作为正确鉴定中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹的分子鉴定标记;16S rDNA片段中1个固定位点的碱基替代可作为区分中华绒螯蟹2种单元型的分子鉴定标记。