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通过RNA-Seq技术对同源四倍性的西洋梨及其二倍体亲本进行转录组测序及比较,拟揭示西洋梨同源多倍体形成过程基因的转录水平的改变,为深入理解西洋梨四倍体的表型变异、重要性状关键调控基因的克隆和西洋梨基因工程育种提供参考。试材为田间网室内5年生二倍体梨‘丰产’(Pyrus communis L.‘Fertility’)及其同源四倍体株系。叶片组织总RNA提取利用天根生物科技有限公式(北京)的多糖多酚植物总RNA提取试剂盒,用生物分析仪(Bioanalyser 2100,Agilent,美国)检测样本总RNA浓度及质量。合格的RNA由北京诺禾致源公司完成cDNA文库的构建及转录组测序。设置3次生物学重复。对获得的原始数据进行生物信息学分析,以padj <0.05为标准筛选差异基因;使用在线分析系统Plant Met Gen MAP对差异基因进行生物功能(GO)和代谢通路(Pathway)分析。从分析结果中随机选择12个差异表达基因利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对测序结果进行验证。每个样本均获得了超过2100万的高质量的Reads,其中超过87.79%高质量Reads注释到参考基因组。对转录组数据差异表达进行分析,筛选得到600个差异表达基因,其中229个基因上调表达,371个下调。GO分析表明四倍体与二倍体的差异表达基因主要集中在生物过程(Biological process)和分子功能(Molecularfunction)两个功能区,对细胞组分(Cellularcomponent)功能区基因的调控作用不大。Pathway分析显示西洋梨四倍体与二倍体在雌激素信号通路(Estrogen signaling pathway)、内质网蛋白质加工(Protein processing in endoplasmic reticulum)、NOD样受体信号通路(NOD-like receptor signaling pathway)、抗原处理和表示信号通路(Antigen processing and presentation)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Aktsignalingpathway)、单萜类生物合成(Monoterpenoid biosynthesis)、硫代谢(Sulfurmetabolism)、半胱氨酸和蛋氨酸代谢(Cysteineandmethionine metabolism)、硒复合代谢(Selenocompound metabolism)、类黄酮生物合成(Flavonoid biosynthesis)、昼夜节律(Circadianrhythm)、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢(Alanine,aspartateandglutamate metabolism)等途径差异显著,推测这些代谢途径中差异基因的表达变化可能与西洋梨同源四倍体在表型和生理上的变化有关。最终,qRT-PCR分析表明转录组测序结果是可靠的。转录组测序获得大量生物信息学信息,为进一步研究同源四倍体西洋梨功能基因奠定了基础。此外,西洋梨二倍体及其同源多倍体的基因表达谱能够为植物多倍体化研究提供有价值的资料。