深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

来源 :第三届传染病防控基础研究与应用技术论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:YANYUGUOHOU
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  目的:对深圳地区手足口病(Hand,Foot and MouthDisease,HFMD)肠道病毒71型分离株(Enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析。方法:2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本49l份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT—PCR扩增’VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析。结果:2009年深圳地区8株Ev71 VP4基因全长207bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性在94.2%~98.1%,与深圳2001年~2004年分离的17株EV7l毒株核苷酸同源性在89.9%~98.1%,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性在79.2%~100%;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100%),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)94.2%~97.1%。,除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100%。8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变。进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型。结论:2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无效变异,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为零。
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