近年来，病害频发已成为对虾养殖业发展的主要瓶颈。虾苗质量与后续养殖中对虾的生长和抗逆抗病能力关系密切。因此，育苗对后续养殖成功与否至关重要。微生物群落在环境/调控因子和养殖动物健康间的枢纽作用决定了其在养殖系统中的核心地位，而揭示育苗全程幼虾微生物群落的发展演替规律是调控微生物群落的科学基础。本研究应用16S rRNA基因高通量测序技术，追踪调查了南美白对虾育苗全程幼体和水体的微生物群落。研究发现，在幼虾的不同发育阶段，幼虾及水体细菌群落结构均呈现不同的特征，且呈现出不同的演替轨迹。不同发育阶段幼体微生物群落组成有明显区别，微生物群落组成的重大转变是对虾幼体发育的标志。育苗全程，各阶段幼虾细菌群落个体相似性，幼虾与水体的群落相似性及共享OTU数均在蚤状幼体时期较高。与同阶段相比，蚤Ⅰ、蚤Ⅱ时期的幼虾与其前一阶段水体群落相似性更高，蚤Ⅱ时期与其前一阶段水体的共享OTU数更多，因此水体微生物群落在幼体中的定植可能存在延迟现象。此外，核心微生物类群可代表整体类群的演替特征。本研究结果对调控育苗体系微生物群落具有重要意义，为提高对虾育苗质量提供了扎实的微生物生态学理论基础。