微生物发酵床大栏养猪是一种现代化的有机养猪模式,能够实现无臭味、无蝇虫、零排放、肉质优、省人工、控猪病、无药残、产肥料、资源化、智能化、机械化。其六大核心技术均直接或间接与发酵床垫料中的微生物群落组成及其动态演替密切相关。然而,我们对微生物发酵床养猪技术中的微生物群落知之甚少。本研究采用高通量的宏基因组学技术,全面而系统地分析了大栏猪舍发酵床的不同空间(纵、横、深度)、不同发酵程度、积水、板结等垫料样品中的微生物及猪病原菌群落组成及其动态演替。第一批44份样品的初步分析结果表明：1)总共鉴定到细菌4361 OTUs (operational taxonomic units,可操作分类阶元)、真菌754 OTUs、放线菌(门)865 OTUs、芽胞杆菌(Bacillus-like) 70 OTUs、可能的病原菌36属(暂不能鉴定到"种"的水平)；2)在空间分布方面,4纵8横32个采样方格垫料中的微生物群落组成均存在约10％的差异,而且相对丰度也差异显著；3)随发酵床深度增加,细菌种类及相对丰度呈下降趋势,而真菌呈上升趋势。在44份垫料样品中总共鉴定到可能的病原菌36属,但它们的相对丰度均非常低。值得一提的是,所有44份垫料样品均未检测到在我国多发的病原菌：Actinobacillus(猪放线菌病)、Brodetella(支气管败血症)、Brucella(全身性感染)、Klebsiella(呼吸道感染)、Listeria(脑膜炎等)、Mycoplasma(支原体感染)、Pasteurella(巴氏杆菌病)和Salmonella(腹泻等)。本研究的结果将为我们更好地对发酵床垫料中的微生物群落进行调控和利用,从而构建健康的养猪环境奠定了坚实基础。