【摘 要】
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生物大分子模拟是生命科学研究中的重要前沿领域之一.目前全原子模型无法研究复杂生物现象涉及到的时空尺度.已有粗粒化模型由于过于简单粗糙,物理意义不明确以及无法正
【机 构】
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中科院大连化物所,分子反应动力学国家重点实验室大连市中山路457号,116023
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生物大分子模拟是生命科学研究中的重要前沿领域之一.目前全原子模型无法研究复杂生物现象涉及到的时空尺度.已有粗粒化模型由于过于简单粗糙,物理意义不明确以及无法正确还原成全原子模型只能用于定性或半定量研究.作者首次提出了结合广义范德华Gay-Berne势和电多极距展开静电势(Electric Multipole Potential)的新型蛋白质和有机高精度粗粒化分子模型(GBEMP).实现了计算精度与全原子可极化分子力场线性相关度达到0.85,而计算速度快几十倍.对于有机分子溶剂的模拟,GBEMP模型得到的溶液结构和溶液物理化学性质与全原子模型结果一致.目前我们正在把GBEMP模型推广到细胞膜磷脂分子以及核酸分子体系.由于GBEMP模型可以高精度的转换成全原子模型,所以与QM/MM方法结合可以实现多尺度多精度的生物大分子模拟.同时,与增强型构象采样方法结合将更大发挥GBEMP模型在分子模拟中的应用.
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