小分子RNA是一类20~24核苷酸长度的非编码RNA,它可以与含Argonaute(AGO)蛋白的核酶复合物结合形成RNA诱导沉默复合体,切割靶标mRNA或抑制其翻译。小分子RNA可以参与植物的免疫防卫机制。而长链非编码RNA(Long non-coding RNA)是一类24~40核苷酸长度的RNA分子,参与植物抗病反应以及DNA的甲基化。水稻稻瘟病和纹枯病是我国稻区的主要病害,为害严重,长链非编码RNA在水稻抗病中的作用还不清楚。本研究分别在稻瘟病菌Guy11和纹枯病菌R.solaniAG1IA侵染水稻日本晴后0天和1天取样,提取总RNA。通过截取24~40nt的RNA片段,在3’端和5’端连接接头等手段,构建了小分子RNA文库。通过高通量测序发掘在病原菌侵染后变化显著的长链小分子RNA。生物信息学分析发现,在24~40nt之间有大量的长链非编码RNA,主要分布在基因组的重复序列区。通过Northern blot检测发现在稻瘟病侵染后,siR76113,siR67823和siR72573表达水平下降;在纹枯病菌侵染后,siR51031表达水平降低,而siR118183和siR194568表达水平升高。通过qRTPCR检测发现,上述siRNAs的靶标基因的表达水平与对应siRNAs的表达呈现相反趋势,表明水稻长链siRNAs可能通过调控靶标基因的表达介导植物的抗病免疫反应。这些siRNAs的功能有待进一步研究。