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目的了解宁波口岸输入性新甲型H1N1流感病毒HA基因特性。方法设计3对引物,对9株宁波口岸输入性新甲型H1N1流感病毒阳性的咽拭子标本核酸进行RT-PCR扩增,后对产物测序,将测序结果通过软件进行拼接,得到HA基因全长,分析序列特征并绘制种系发生树,并同源分析HA的三级空间结构。结果 16株新甲型H1N1流感病毒HA基因片段测序成功,经序列拼接后,长度为1 777 bp,截取开放读码框内1 702 bp核苷酸,绘制了种系发生树,建立了HA蛋白的空间模型。新甲型H1N1流感病毒HA基因与经典的猪流感病毒亲缘关系最近,聚在1个分支上。宁波口岸输入性新甲型H1N1流感病毒HA蛋白氨基酸与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)及中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)相比,同源性很高,为96.8%～99%。氨基酸序列与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)相比,有4个位点发生变异,与中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)相比,并无差异,空间构象分析与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)没有明显差异,4个突变位点也不对HA蛋白构象构成影响。结论新甲型H1N1流感病毒HA基因源于经典猪流感病毒,目前的新甲型H1N1流感病毒的HA蛋白变异还很小,但应密切关注该病毒的变异情况。