本文基于产业结构效应理论，对合肥高新区战略性新兴产业的发展基础和结构效应进行了探讨，通过建立高新区2006-2009年的6大战略性新兴产业的数据模型，分析了合肥高新区战略性新兴产业发展的结构效应。从产业结构变动分析结果可看出:合肥高新区战略性新兴产业的产业结构变动速度不平稳，各年产业结构变动幅度差别较大，说明战略性新兴产业的基础比较弱，其带动效应和辐射效应较小。从产业结构效应分析可看出:战略性新兴产业对区内经济和就业的影响各不相同。从劳动生产率分析结果看，合肥高新区除生物医药产业外，其他产业的比较劳动生产率较大程度地偏离，说明高新区战略性新兴产业各产业发展的技术含量还有待加强。产业结构偏离度分析表明，除光机电一体化产业需吸纳劳动力外，其他产业均应转移劳动力。从就业弹性来看，合肥高新区战略新兴产业的就业弹性较低，其吸纳就业的能力还没有发挥出来，请就业系数大也不明显。因此，如何根据合肥高新区战略性新兴产业的产业结构变动和发展基础，进行战略性新兴产业的规划和布局，并制定相关政策，对合肥高新区战略性新兴产业发展有重要意义。