微生物是土壤生态系统中的关键组成部分，对土壤功能的发挥和生产力变化有非常重要的影响.所以了解微生物群落的分布格局和形成机制成为研究土壤生态的重要组成部分.而土壤剖面是一个环境因素连续变化的场所，可以让我们从另一个角度了解微生物群落的分布格局和形成机制，也对生态系统管理和功能调控有更深的认识.为此我们在中国科学院海伦农业生态实验站采集农田、草地和人工林地3个剖面土壤样品，利用定量PCR方法和高通量测序方法研究微生物群落在剖面中的分布特征.结果表明：3个剖面中细菌和氨氧化细菌以0-20cm基因拷贝数最多，随着深度增加急剧减少；氨氧化细菌和氨氧化古菌基因拷贝数呈现先增加后减少的趋势，在40 cm以下急剧减少.在80cm以下3个剖面基因拷贝数基本相同.高通量测序结果表明，微生物群落各个门相对丰度从表层到底层变化较大，在所有样品中相对丰度大于1％的门有放线菌门、变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和芽单胞菌门.各个土层主要门的相对丰度在3个剖面中的变化规律是相似的.OTU数量、Shannon指数、PD指数和Chao1指数都随着深度增加减小.NMDS结果显示虽然3个剖面表层中微生物群落有显著差异，但是整体变化规律非常相似，微生物群落从表层到底层是逐渐过渡的.3个剖面的NMDS1与深度回归结果显示r＜0.9.最终结果表明虽然长期地表植被不同，但是深度对微生物群落的影响远大于植被的影响，而且微生物群落不同的门在剖面中的分布呈现不同的规律性.