广东省每年辣椒种植面积稳定在6.7万hm2左右,占全省蔬菜年总产值的5%～7%。辣椒根系较浅,既不耐旱也不耐涝,而广东地区雨水较多,涝渍胁迫严重。研究辣椒在涝渍胁迫下的抗逆响应机制对于选育耐涝辣椒品种及指导生产具有重要意义。在前期研究中筛选到1个耐涝辣椒品种‘红丰404’和涝渍敏感品种‘多宝’。2017年5月2日播种,6月3日进行涝渍胁迫,6月5日采集根样、清洗干净、液氮保存,北京诺禾致源科技股份有限公司检测。2个试验品种,各设对照,3次重复,共12个样本。采用Capsicum annuum‘Zunla-1’(http://peppersequence.genomics.cn)作为参考基因组,采用DESeq软件负二项分布模型进行差异基因检测分析,用GOseq软件进行GO聚类分析,使用KOBAS(2.0)进行KEGG富集分析。结果表明,12个样本与参考基因组的比对率超过90%,并且超过80%的reads定位到外显子区域。‘红丰404’辣椒总计筛选到8407个差异表达基因,是‘多宝’甜椒的11.11倍。两个品种共有相同差异基因581个,占到‘多宝’甜椒的76.8%,但是只占到‘红丰404’辣椒的6.9%,并且‘红丰404’辣椒特有的差异表达基因有7 826个,是‘多宝’甜椒的44.7倍。通过GO分析发现,‘多宝’甜椒和‘红丰404’辣椒的差异表达基因主要富集到生物过程和分子功能两大类,‘多宝’甜椒没有富集到细胞组分大类,在分子功能大类中‘红丰404’辣椒主要富集到氧化还原酶活性小类,并且相关差异基因是‘多宝’甜椒的10倍。在KEGG通路分析中,两个品种都是在代谢通路和次生代谢产物生物合成通路富集到最多基因,并且‘红丰404’辣椒在这两个通路的差异表达基因数量分别是‘多宝’甜椒的9.1倍和6.3倍。本研究是首次从RNA转录水平对辣椒的耐涝性进行研究,本研究中两个辣椒品种的差异表达基因主要富集在氧化还原酶活性,及代谢通路、次生代谢产物生物合成通路,也正是由于‘红丰404’辣椒在涝渍胁迫下耐涝性相关基因的表达数十倍多于‘多宝’甜椒,从而更好地适应涝渍缺氧环境。下一步将筛选相关自交系、构建群体、开展辣椒耐涝渍QTL定位工作。