【目的】分析美国1996-2015年间不同动物宿主来源的微生物(包括病原微生物)在食品消费链条中(包括动物,动物产品以及人)的携带、污染或感染情况,评估病原微生物在不同动物来源食品中的传播特征,为我国开展从农场到餐桌的食源性病原监测与控制提供借鉴。【方法】系统研究过去二十年美国肠道细菌抗生素耐药性检测网(NARMS)所统计的179509株所监测的食源性微生物,包括四种常见食源性微生物菌属的至少八个菌种,沙门氏菌属(包括-Salmonella enterica),弯曲杆菌属(Campylobacter jejuni,Campylobacter coli,Campylobacter spp.),埃希氏菌属(Escherichia coli),肠球菌属(Enterococcus faecalis,Enterococcusfaecium,Enterococcus hirae,Enterococcus spp.)。通过RandomForest和HCL多维度聚类分析不同动物来源、不同种属菌种、不同年代、人与食品以及动物来源菌株的分布规律。以44种常用抗生素对细菌的最小抑菌浓度(MIC)为基础数据,利用CART统计方法鉴定区分不同动物来源、不同菌种菌属和不同来源菌株(动物,肉产品和人)的标志性抗生素以及其临界值。【结果】在近18万菌株中,13.5%来源于牛(健康和带病动物牛,以及市售牛肉,下同),43%来源于鸡,8.5%来源于猪,9.6%来源于火鸡;其中这些动物来源样品中,畜禽肉样本占37.2%;剩下约25.4%来源于患病的病人。在动物样本、畜禽肉样品、患病病人样本中检出携带最高的病原分别是沙门氏菌(44.5%),肠球菌属(42.3%,其中肠球菌属粪链球菌占64%),沙门氏菌(65.8%)。并发现这些主要病原微生物在人、动物以及动物产品中的检出与分离率逐年增高。从病原学角度看,沙门氏菌和空肠菌属细近年来增长最快。利用不同菌株的最小抑菌浓度的绝对值,分别对四种不同菌属细菌进行宿主和来源的聚类分析,均发现动物来源菌株,包括不同动物宿主或动物产品来源菌株形成一个独特的聚类;疾病病人的菌株形成另外一个独特聚类,显著不同于动物来源菌株。利用CART分析,发现区分人来源和动物来源沙门氏菌(鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和纽波特沙门氏菌)的最主要药物是甲氧苄啶-磺胺甲氧异恶唑(COT),在临界值高于0.12时可以判定是动物来源菌株(准确率依据不同血清型一般在89%-95%),在临界值低于或等于0.12可判定是人来源菌株(准确率99.9%)。同时发现动物来源菌株对多种第三代头孢类抗生素,氨基糖苷类抗生素,四环素类药物均具有非常高的MIC值,也与对应类别抗生素具有耐药性,广泛存在多重耐药性。而人来源菌株的耐药率或主要细菌的最小抑菌浓度都显著低于动物源菌株,且多重耐药菌株在整人群的分离株中占比非常小(6%-15%)。【结论】:在美国,沙门氏菌和空肠弯曲杆菌是动物和人携带或致病的主要病原,近年来的检出率显著增加,应作为主要的监测和控制对象。另外,人与动物来源的食源性细菌耐药谱存在显著不同,提示一些药物(如COT)可用于人沙门氏菌感染的推荐治疗药物。而在我国,食源性病原在动物、动物产品中的检出以及在食物链中的传播缺乏系统研究,也没有相应的数据积累。鉴于我国过去很长一段时期对养殖业使用抗生素没有严格控制,动物源细菌和人源细菌在耐药谱上的差异是否与美国的情况一致尚不得而知,耐药性传播机制也需要进一步研究。