由于减毒活疫苗具有良好的免疫原性和保护力,这种通过异源传代致弱的减毒疫苗株被广泛的应用到人类和动物的疾病预防控制中。然而野毒株和传代致弱的病毒株在诱导免疫应答的差异并不完全清楚。我们通过比较5株鸡胚致弱毒株和68株野毒株我们发现,鸭甲型肝炎病毒鸡胚致弱毒株其密码子的偏嗜性发生了明显的改变,这种改变可能是鸭甲型肝炎病毒在鸡胚中长期传代与鸡胚细胞中的翻译系统相互作用的结果。进一步通过比较强毒株(H株)和鸡胚致弱毒株(CH60株)在感染成年鸭后诱导免疫应答的差异,我们发现弱毒疫苗株的非机构蛋白在鸭组织中具有较低的表达,这种翻译系统的不兼容性可能是导致病毒复制效率降低的原因。虽然两株病毒具有明显的毒力差异,但是在免疫应答的早期均可诱导强烈的先天性免疫应答以及Tc免疫应答和Th免疫应答。然而鸭甲型肝炎病毒强毒株在传代的过程中,也产生了多个单核苷酸多态性(SNPs)位点,这些位点可能导致强弱毒株诱导免疫应答的差异,尤其是非同义密码子类的SNP位点。在这个研究中我们发现弱毒株可在脾脏和胸腺诱导强烈的Tc免疫应答,强毒株可在肝脏,肺脏,法氏囊和哈氏腺诱导强烈的Tc免疫应答。通过比较分析细胞因子表达谱,我们发现强弱毒株诱导的主要差异基因是RIG-1,MDA5,IFN-β和IL-6,主要差异表达免疫器官是哈氏腺,胸腺和法氏囊。这些发现将为进一步研究鸭甲型肝炎病毒毒力对病毒宿主相互作用差异方面提供了新的信息。