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术前、术后及术中等多种因素均会造成先天性心脏病(CHD)儿童的脑部发育问题。异常的胎儿时期的血流和氧饱和度,导致含氧量较少的血液流至大脑,这引起了新生儿大脑的不成熟、发育延迟及相应的脑部损害。近来的MRI研究显示,术前25%-55%CHD患儿的脑白质出现了损害。临床研究以及动物实验显示,手术期间的因素,如心肺旁路手术、低体温体外循环等也会引起脑部的损伤。文献显示,手术后可观察到30%-40%的新的脑损伤。这些损伤可以相当的小,并且可以随着时间消失。手术后的缺氧、低心排量以及父母的社会经济状态等,也会对患儿的神经功能的发育造成影响。