梅花鹿为我国一级重点保护动物,而关于中国梅花鹿的研究主要集中在生态学等方面,分子方面则较少.弄清中国梅花鹿的遗传特征是系统地保护中国梅花鹿的前提.为此,本研究利用线粒体控制区5’端741bp的片段为分子标记,对四川铁布自然保护区、江西桃红岭自然保护区、彭泽鹿场共127个个体三个种群(亚种)的中国梅花鹿进行了遗传结构的分析.结果表明,在这127个梅花鹿个体中共有23个单倍型,61个多态性位点,32个简约信息位点,29个单个信息位点,含有14bp的插入或缺失.在这23个单倍型中,每个种群都有各自的优势单倍型.在这三个种群中,东北梅花鹿遗传多样性最高,四川梅花鹿遗传多样性水平最低,而华南梅花鹿遗传多样性在中等水平.三个种群的群内平均遗传距离以东北梅花鹿最大,四川梅花鹿最小.三个种群间的遗传距离统计显示,四川梅花鹿与华南梅花鹿之间的遗传距离最小,而其余两两之间的遗传距离相差不大.各种群之间都具有较大的固定系数,并且差异显著(P＜0.001),说明各种群之间具有较大的遗传差异.四川梅花鹿和华南梅花鹿在历史上曾经经历过瓶颈效应,而东北梅花鹿则没有经历瓶颈效应.中国梅花鹿各亚种地理距离与遗传距离之间并没有显著相关性,中国梅花鹿的遗传结构可能与地理距离隔离无关.中国梅花鹿的分布并没有形成种群特有的单系.中国梅花鹿与日本梅花鹿南部种群亲缘关系更近,而与日本北部种群亲缘关系较远.在中国梅花鹿的各亚种中,东北梅花鹿为最先分化出来的一支,四川梅花鹿与华南梅花鹿亲缘关系最近.