一株H4N6亚型禽流感病毒全基因组序列的遗传变异分析

来源 :上海市畜牧兽医学会2013年学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tgxmsc
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  [目的]为了解鸭源H4N6亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)A/duck/Shanghai/Y20/2006 (H4N6)(缩写为DK/SH/Y20/06)的来源、特征及其分子演化规律,进一步丰富我国水禽流感病毒的基因库.[方法]对其8个基因片段分别进行扩增和序列测定,利用分子生物学软件对测序结果进行序列分析,并与GenBank登录的相关病毒进行遗传演化分析.[结果]DK/SH/Y20/06的HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR↓GLF)符合低致病力AIV的特征,其分子遗传演化关系属于东半球谱系的欧亚分支;NA基因与A/mallard/Yan chen/2005(H4N6)在同一分支内,核苷酸同源性为98.3%;而PB2、PB1、NP、PA基因与目前在我国流行的H6亚型流感病毒关系密切; M基因与A/environment/Korea/CSM05/2004(H3N1)处于同一分支;而NS基因与A/wild duck/Korea/YS44/ 2004 (H1N2)同源性最高.且Duck/Shanghai/Y20/2006的8个基因与美洲H4N6亚型AIV分离株均不处在同一遗传进化分支上,相互之间遗传关系较远. [结论]DK/SH/Y20/06可能是由H4N6、 H6N2、H6N5、H3N1和H1N2等不同亚型来源的基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒.
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