【摘 要】
：
目的：基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与宫颈上皮内瘤变进展相关的潜在差异表达基因.方法：首次在Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载与CIN进展相关的mRNA芯片数据,并利用GEO2R工具进行差异基因分析和筛选.通过通路富集、文本挖掘、蛋白互作等生物信息学方法研究差异表达基因与ClN进展的相关性.结果：1,在GEO数据库获得了与CIN进展相关的2组mRNA表达谱芯
论文部分内容阅读
目的：基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与宫颈上皮内瘤变进展相关的潜在差异表达基因.方法：首次在Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载与CIN进展相关的mRNA芯片数据,并利用GEO2R工具进行差异基因分析和筛选.通过通路富集、文本挖掘、蛋白互作等生物信息学方法研究差异表达基因与ClN进展的相关性.结果：1,在GEO数据库获得了与CIN进展相关的2组mRNA表达谱芯片数据GSE63514、GSE51993,分别获得了与CIN进展有关的144个共同上调差异表达基因和21 9个共同下调差异表达基因.2,共同差异表达基因的通路富集获得了Wnt signaling pathway、Endocytosis、Vibrio cholerae infection等与ClN进展显著相关的3条信号通路,还获得了调控这些信号通路的14个差异表达基因(CCND2,NFATCI,PRKCB,PPP2R5D, WNT2B, SH3KBPI, HSPA6, PIKFYVE, RABEP1,TGFBR2, KDELR1, MUC2, KCNQ1, TJP2).3.通过COREMINE进行生物学注释与文本挖掘,发现除PPP2R5D和PIKFYVE外,3个(CCND2、TGFBR2、MuC2)与CIN进展直接相关,另外9个(NFATCl,PRKCB,WNT2B,SH3KBP1,HSPA6,RABEP1,KDELR1,KCNQ1,TJP2)虽然没有和CIN直接相关,但他们与肿瘤的进展和复发相关.另外这些基因相互之间也显著相关,如TGFBR2和WNT2B等.4.用PUBMED文献挖掘了24个与CIN进展有关的已知基因,通过GeneMania工具分析结果发现所有筛选的基因都通过直接或间接的方式与已知的CIN相关基因互作形成蛋白互作网络.其中CCND2和TGFBR2与多个已知基因存在直接互作.结论：1,通过对芯片数据分析,筛选出14个差异表达基因与CIN进展有关.2,CCND2和TGFBR2可能是CIN进展调控相关的重要候选蛋白基因.Wnt信号通路可能是CIN发生发展中的重要通路,而基于这条信号通路的ClN进展研究可能为阻断ClN进展提供新的解决方法.
其他文献
目的：研究高危型HPV初筛和液基细胞学分流在宫颈癌筛查中的应用价值.方法：2015年我院进行宫颈癌筛查的女性共83 1 8例,均行高危型HPV检测和液基细胞学检查,其中任一项为阳性均召回行阴道镜检查,阴道镜检查异常者行多点活检.以病理学结果为诊断标准分别评价高危型HPV初筛、液基细胞学分流和液基细胞学初筛、高危型HPV分流这两种方法的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值.结果：高危型HPV初筛、
目的：分析RhD阴性妇女孕期相关检测指标和妊娠结局的关系,探讨其RH溶血的特殊诊治.方法：综合分析我院2013年1月至2016年1月分娩的RhD阴性妇女的孕胎次、抗-D效价、胎儿大脑中动脉收缩期峰值流速(MCA-PSV)等影像学监测、终止妊娠方式和新生儿胎龄、脐血血色素、经皮胆红素及输血、换血情况,发现RH溶血临床特征,研究及时终止妊娠前后的相关救治.结果：302例RhD阴性孕产妇,对D抗原致敏者
目的：探讨围生期相关检测指标对RH溶血胎婴儿防治的指导意义,降低新生儿病死率和致残率.方法：回顾性分析我院2013年1月至2016年1月收治的46例母儿RH血型不合新生儿抗-D抗体效价、脐血血色素、溶血三项、pH值、经皮胆红素、动态血清胆红素测值在致敏组和未致敏组、输血组与未输血组的差异性,研究其临床指导意义及相关并发症防治.结果：26例患儿体内存在抗-D抗体,14例达到输血指征,另12例溶血病很
目的：探讨米索前列醇联用缩宫素预防剖宫产产后出血临床分析。方法：回顾性分析168例剖宫产者,随机分为观察组和对照组各84例,观察组为剖宫产术前麻醉成功后直肠内放置米索前列醇200μg,对照组不予米索前列醇,两组均在胎儿娩出后宫体注射缩宫素201U,观察记录两组患者术中、术后2h出血状况,结果：发现直肠用米索前列醇的产妇术中及术后2小时出血量均明显少于单纯使用缩宫素,两组比较差异有统计学意义。结论：
Pelvic mass arising from cervix is rare in clinic,We report a case of a 57-year-old female presenting with abdominal distention.She had subtotal supracervical hysterectomy for multiple myomata 14 year
目的：探讨影响宫颈癌放射治疗后未控、复发的临床病理因素.方法：资料选自2008年1月至2014年4月在广西医科大学附属肿瘤医院进行放射治疗或同步放化疗的宫颈癌患者932例,对其相应的临床病理资料进行回顾性分析,探索导致宫颈癌放疗后未控、复发的临床病理因素.统计学上使用Kaplan-Meier法计算无瘤生存率,Log-rank检验筛选出与宫颈癌放疗后未控、复发有关的因素,并将所筛选出的因素纳入COX
目的：使用TMT定量蛋白组学技术研究雌激素作用子宫内膜癌细胞Ishikawa后差异表达的蛋白质,寻找与子宫内膜癌相关的诊断标志物及探索子宫内膜癌的发病机制。方法：实验分2组：(1))Control组：无雌二醇刺激的Ishikawa细胞；(2)雌激素组：经10-6mol/L雌二醇刺激的Ishikawa细胞。本实验利用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用基于TMT的蛋白组学技术分析不同分组的Ishik
目的：探讨预防性腹主动脉旁延伸野放化疗对盆腔淋巴结转移的ⅢB宫颈鳞癌患者的临床应用价值.方法：回顾性分析201 1年1月至201 3年12月在我院治疗的盆腔淋巴结转移的Ⅲ B期宫颈鳞癌患者,将行腹主动脉旁延伸野放化疗的22例患者设为研究组(延伸野组),单纯行盆腔放化疗的25例患者为对照组(盆腔组).比较两组的近期疗效、毒副反应和生存率,通过DVH图比较两组危及器官受照射的剂量体积.结果：延伸野组和
目的：分析高级别宫颈上皮内瘤变治疗的近远期疗效,明确最佳治疗方式,并探讨术后复发的影响因素.方法：回顾性分析在2009年1月至2014年12月期间于广西壮族自治区内3家三级甲等医院接受宫颈锥切术的1226例高级别CIN患者,分析对比了不同治疗术式的临床疗效,并对术后病理切缘阳性、术后复发等可能相关的因素作单因素和多因素分析.结果：LEEP组手术时间28.2±9.5 min,术中失血15.2±5.1
目的：对生物信息学方法筛选的9个差异表达基因与基因P16、Ki-67进行有关预测CIN进展功能的验证.方法：将CIN1,ClN2,CIN3,宫颈癌,29例正常宫颈组织蜡块制作成组织芯片,免疫组化方法检测生物信息学方法筛选的9个差异表达基因与已知基因P16、Ki-67,结果进行临床病理分析.结果：NFATC 1、WNT2B、SH3KBP1、PIKFYVE、RABEP1和TGFBR2均未在CIN和宫颈