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目的：通过比较中药材柴胡及其混伪品之间的ITS2序列的差异及其规律，为柴胡及其混伪品的鉴定提供分子依据。方法：分析2科3属9个物种33份柴胡及其混淆品物种的ITS2序列长度、变异位点、G+C含量并构建系统发育树(NJ)。结果：分析得知柴胡及其混伪品的ITS2全序列长度范围为215bp-244bp，G+C含量范围为53．95％-63．52％，序列比对后长度为264bp,共有132变异位点。结论：ITS2可有效地鉴别中药材柴胡及其混淆品，可以作为柴胡与其混伪品之间的分子鉴定方法之一。