隐孢子虫病(cryptosporidiosis)是一种以腹泻为主要症状的全球性的人兽共患原虫病,是世界六大腹泻病之一,在寄生虫性腹泻中占首位,病例遍及6大洲90多个国家,但目前该病仍无有效的预防和治疗药物。本实验用改良抗酸染色法检查牛粪,鉴定为含有隐孢子虫卵囊,油镜下观察卵囊形态,并随机测量50个卵囊大小。用美国Genmed公司粪便DNA分离+高质纯化试剂盒,按其说明书提取卵囊基因组DNA。以隐孢子虫卵囊基因组DNA为模板,根据隐孢子虫18S rRNA序列设计2对引物,巢式PCR扩增。扩增产物测序后登陆NCBI BLAST进行同源性比对和搜索,下载相关序列,利用Clustal X软件对测得序列与相应下载的序列进行比对,然后用MEGA4.0软件中的邻接法(neighbour-joiningmethod,NJ)构建系统发育树,用自展值检验(Bootstrap test)估计所建系统发育树的可靠性,重复次数为1 000。结果 :上海株牛源隐孢子虫卵囊呈圆形或椭圆形,大小为(5.6±0.49)μm×(5.2±0.51)μm。扩增出的18S rRNA基因片段为812bp。由此序列构建的系统发育树显示,上海株牛源隐孢子虫与巴西牛隐孢子虫(Cryptospridium bovis)序列一致性为100%,二者在种系发育树上为同一分支,亲缘关系最近;与中国青海、蒙古、美国、突尼斯等地的牛隐孢子虫序列一致性均为99%。结果提示上海株牛源隐孢子虫为牛隐孢子虫(C.bovis)。