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自然的生命之树是理解生物多样性的基础.蕨类植物，拥有10000 余个现存种类，是起源古老的维管植物中的第二大类群，但基于形态性状和分子数据之间的演化关系一直保持着高度争议.一个有趣的争议就是蕨类植物的繁殖器官孢子囊这一独特的无弦之弓是如何起源的.Bower 总结过去的知识并发展成为孢子囊形态演化假说，并成为过去几乎所有形态分类系统的基石；分子生物学时代，这个学说受到了新的挑战，但基于不同的DNA 片断和基因组证据、甚至包括少量物种样本的转录组学证据却得不到高支持率的系统关系图.